自西元20XX年，人类从肯亚图尔卡纳湖的湖畔挖出了一个名叫索哈尔(Zohar)的物体之后，便开始对它进行研究，后来有人重建出来所谓的“神之语言”，并建立电脑程式以启动原始索哈尔，进行和上位领域的U-DO(上位领域当中的红色波动存在)连结的连结实验，但很不幸地，从上位领域流入下位领域的能量造成了事象变移，使地球(游戏中所谓的“失落耶路撒冷”)几乎完从从宇宙中“消失”，人类因而被迫逃亡，离开地球。　　...

现在，全世界所有人都在使用的智能手机App。那里潜藏着无人知晓的存在·Applimonster，通称“Appmon”。Appmon是具备能够自主思考行动的人工智能的App生命体，在人类世界与数码空间的间隙中，为系统及人类发挥着机能。但，潜藏在网络之海中的“凶恶的最终BOSS人工智能·利维坦”化作病毒控制了Appmon们，并开始黑入各个系统，企图从网络一侧控制人类的世界。主人公少年·新海春，获得了被...